Wie es scheint gab es bei den neueren Versionen von MySQL einige Veränderungen in der Kommunikation zwischen Client und Server, wodurch Zeichen nicht mehr in Ihrer ursprünglichen Kodierung übertragen werden. Meistens tritt das Problem nach einem Upgrade auf die neueren Versionen der 4.1er und 5er Serie von MySQL auf und äußert sich in kaputten Umlauten auf Client und Server Seite.
Die schnelle Lösung zu diesem Problem ist dem Server bei Verbindungsaufbau sofort die zu benutzende Zeichenkodierung mittzuteilen. Im Falle von UTF8 kann man das durch folgendes Query erreichen, welches einfach direkt nach Verbindungsaufbau abzusetzen ist:

SET NAMES 'utf8';

Danach sollten Umlaute wieder korrekt übertragen werden und die Welt ist wieder in Ordnung ;)
Die hier beschriebene Methode ist quasi der Rundumschlag in Sachen Zeichensätze und funktioniert bestens als Lösung für das sehr verbreitete Problem der zersörten Umlaute nach MySQL Update.

Wer mehr über die Möglichkeiten Wissen will MySQL mit verschiedenen Zeichensätzen kompatibel zu betreiben dem sei Character Set Support bzw. die nächste Unterseite Connection Character Sets and Collations aus der MySQL Doku empfohlen.